森林深处的远古陵墓中，精灵家族正在筹备一场盛大的生日派对。13岁的小寿星鲁道夫不听爸爸妈妈的话，引来了邪恶的精灵猎人，让族人陷入了猎人的天罗地网中。猎人残暴无情，利用各种高科技武器追杀鲁道夫一家。在逃亡路上，鲁道夫与家人走散，闯进了13岁男孩托尼寄宿的城堡中。和别的人类不同，天真阳光的男孩儿托尼

在一个风景如画的英国乡村，自然学家查尔斯·达尔文（保罗·贝坦尼 Paul Bettany 饰）与妻女一起过着恬静的生活。他十岁的大女儿安妮对世界充满好奇，达尔文便教予她很多自然和科学知识，其中还包括他的进化论，然而在世人都相信上帝乃造物主的当时，女儿口中的进化论无疑是危险的，以至于令她被家庭教师体罚

马丁（伊利亚•伍德 Elijah Wood 饰）为了追寻偶像逻辑数学家亚瑟（约翰•赫特 John Hurt 饰）的足迹，来到牛津大学深造。他发现，寄宿的房东伊格莱顿太太（安娜•玛西 Anna Massey 饰）仿佛跟亚瑟交往甚密，而她的养女贝丝（朱丽•考克斯 Julie Cox 饰）却总是故弄玄虚。