滂沱雨夜里，朔也目击母亲坠入暴涨溪水中、失去踪影，自己也意外落桥，跌进长达一年的昏迷。一觉醒来，世界翻了面貌，警察判定母亲选择「自由死」，AI技术全面颠覆人类社会，有人因此解脱，有人无所适从。朔也无法接受母亲撒手人寰，为了抚慰内心伤痛，决意在虚拟世界里重建其模型，也让母亲的密友彩花自此走进他的生命。

上一季中，有栖（山崎贤人饰）与宇佐木（土屋太凤饰）通过了所有关卡，回到现实世界结为夫妻，从此过着幸福快乐的生活。他们对今际之国的记忆虽然遭人抹去，但时不时会在梦境与幻觉中瞥见当时的情景。某天，宇佐木在来世研究者隆二（贺来贤人饰）的带领下忽然人间蒸发，而就在她消失的同时，盘田（矶村勇斗饰）将最后一张鬼